За тарифы в общих и плацкартных вагонах отвечает ФСТ, цены на люкс, купе и СВ регулирует ОАО «Федеральная пассажирская компания». С 1 января 2012 года будут проиндексированы все тарифы на перевозку пассажиров: в плацкартных и общих вагонах на 10%, в СВ, купе и "люксе" на 5%.
Также будут применяться дифференцированные индексы изменения тарифов по календарным периодам года. Максимальные тарифы будут 28 и 29 апреля, с 8 по 12 июня, с 13 июля по 2 сентября и с 29-30 декабря 2012 года (повышение составит 20%). Минимальные тарифы ожидаются 8 и 9 мая 2011 г. (скидка 50%).